《自然-遗传学》
新研究发现癌症合成致死新策略
美国加州大学圣地亚哥分校的Trey Ideker团队发现，一种多谱系筛选方法能够识别出人类癌症中可供人操作的合成致死相互作用。11月18日，相关研究结果发表于《自然-遗传学》。
癌症由多种基因的改变驱动，形成可被治疗靶向的依赖关系。然而，许多遗传依赖关系在不同肿瘤中表现不一致。
研究人员描述了一种识别核心网络中高度渗透、可操作的遗传相互作用的策略SCHEMATIC。首先，通过对肿瘤谱系进行系统的组合性基因敲除扰动基本细胞过程，研究人员识别了1805个合成致死相互作用。然后，通过分层合并分析这些相互作用，研究人员揭示了其中一半可靠区分不同组织类型或生物标志物的状态，并且有相当一部分在不同谱系中表现出渗透性。
这些相互作用集中在49个多基因系统上，这些系统在聚合酶功能受损时变得至关重要。大约266个相互作用转化为具有药物敏感性的稳健生物标志物。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1038/s41588-024-01971-9
《自然-方法学》
科学家开发出靶向空间转录组学的探针集
德国慕尼黑工业大学的Fabian J. Theis团队开发出靶向空间转录组学的探针集选择。11月18日，相关研究成果发表于《自然-方法学》。
研究人员提出了一个端到端的探针集选择管道Spapros。它优化了基因集特异性和细胞内类型表达变异，同时考虑了先验知识、探针设计和表达限制，以解决空间上不同的细胞群体。研究人员评估了Spapros，结果显示，它在细胞类型恢复和恢复细胞类型外的表达变异方面优于其他选择方法。
此外，研究人员使用Spapros设计了一个成人肺组织的单细胞分辨率原位杂交实验，展示了如何识别感兴趣的细胞类型，并检测到细胞类型内部的空间变异。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1038/s41592-024-02496-z